GitHub Codespaces-自定义容器

作者 : IT 大叔 本文共676个字,预计阅读时间需要2分钟 发布时间: 2020-09-8

今天的场景是构建一个学习GitHub代码空间,其中包括一些相关文件以及一些相关的VSCode扩展。这是我的learn-WDL(生物信息学的工作流程定义语言)课程库。

一个挑战是所需的(cromwell)JAR文件约为200 MB,远远超过Github的最大文件大小。因此,我不能只是将JAR文件上传到我的GitHub存储库中。另外我也不想使用Github大文件存储(或LFS),因为此JAR文件将在Repo中运行的每个命令中使用。因此,我决定使用自定义Docker容器映像来构建此自定义代码空间。

首先,我在DockerHub上找到了一个预先构建的容器映像(broadinstitute \ cromwell),其中包含所需的依赖项(JDK和JAR文件)。

我在本地测试了自定义容器,然后.devcontainer在我的代码空间的文件夹中更新了示例Java DOCKERFILE以使用此docker映像(如下所示)。还要注意$ HOME变量的位置。我从Microsoft示例Repo获得示例Java代码空间DOCKERFILE 。

GitHub Codespaces-自定义容器插图

其次,我针对这种情况(WDL语言)搜索了VSCode扩展,并找到了两个可用的WDL扩展。我更新了devcontainer.json文件,以将这两个扩展名包括在自定义代码空间中(如下所示)。

GitHub Codespaces-自定义容器插图(2)

第三,我不得不四处看看容器,以找到包含的必需JAR文件(cromwell.jar)-我终于在容器的顶部(cd /app)找到了该文件。

我更新了.bashrc文件以对JAR文件起别名并测试了一个hello.wdl文件(如下所示)。我能够成功运行测试!

GitHub Codespaces-自定义容器插图(4)

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